Во точно 6.58 утрината на 11 Септември земјотрес со јачина од 4.4 степени според Европската сеизмичка скала ги разбуди Скопјани, иако првичните информации од Европскиот сеизмолошки радар беа 3.9 степени
Според неофицијалните податоци на Европскиот онлајн центар за сеизмолошка активост се работи за земјотрес на длабочина од 5 километри, со епицентар Скопје, поточно во погодените места од поплавите. Епицентарот се наоѓа на еден километар југозападно од Црешево во близина на Смилковци. Според Европско-Средоземниот сеизмолошки центар (ЕМСЦ) земјотресот е регистриран и во близина на населбата Усје во општина Кисела Вода.
Според мапата на интензитет се работи за релативно силен земјотрес, кој не може да предизвика поголеми штети освен паника кај граѓаните.
Претходно во јавноста постоеа дебати дека катаклизмичните поплави не значи дека би можеле да направат поголем проблем или промени во сеизмолошката активност во и околу поплавените подрачја, бидејќи како што истакнаа тогаш поголем дел од експертите се работи за вода која се движи во горните делови на земјината кора.
Според сеизмолошкиот радар, се работи за земјотрес со епицентар токму во поплавените подрачја, иако истиот е релативно плиток, на само 5 километри длабочина.
Јачината е 4.4 степени.