INFOMAX.MK

Одамна сакав да го напишам ова, барем откако Прашант Прадан (прекрасен, чесен и храбар научник по геномика) ја покрена можноста уште во февруари 2020 година дека вирусот SARS-Cov2 е создаден од човекот. Од тогаш добивме повеќе потврдни информации дека вирусот е направен во лабораторија.

Како и да е, BLAST е архива на NCBI/NIH (односно американската влада) за геномски и протеомски секвенци. Тоа е местото каде што сите научници кои се занимаваат со геноми ширум светот ги депонираат своите секвенци доколку направат откритие. Неговата главна функција е да овозможи споредба на генските секвенци и откривање на секвенци кои се совпаѓаат со онаа што можеби сте ја сретнале во вашиот експеримент. Што е генетска секвенца? Тоа е лесно. Тоа е линија на код, составена од која било комбинација од 4 букви во низа. Се сеќавате на филмот GATTACA? Ако не сте го гледале досега, треба – затоа што тоа е уште еден дистописки филм кој сега е премногу блиску до она што го живееме сега.

Насловот на филмот се заснова на 4-те нуклеотидни бази (G, A, T, C) кои го сочинуваат генетскиот код на ДНК на секој човек. Има околу 3 милијарди од нив во секоја ќелија, правејќи код кој е единствен – кој што резултира со вас, единствена индивидуа! Кодот се спарува така што G-C и A-T секогаш се комбинираат за да ја направат двојната спирала што ја гледате на сликата, така што GATTACA ќе биде спарен со CTAATGT (комплементот). Кодот се чита во одредена насока, така што GATTACA на едната нишка би била TGTAATC на другата (обратно комплементарно). Една од добрите работи за BLAST е тоа на базата не е и важно која верзија ќе и ја дадете, таа сепак ќе ве насочи кон правилниот ген.

Една друга работа што треба да се напомене во овој момент се веројатностите. Ова го правевте на училиште со фрлање паричка (каде шифрата е H за глава или T за петка). Која би била веројатноста за четири пати по ред да ви се падне глава HHHH (1 во 2^4 = 1/16). Истото важи и за TTTT. Истото важи и за THTH, или за која било специфична низа по фрлање монети. Пробајте сами ако не ми верувате (прво предвидете ја низата, а потоа видете колку пати ви треба за да ја добиете). Генетскиот код во суштина е фрлање на „монета со четири страни“. Значи, за која било серија од одредена секвенца (на пр. GATC) веројатноста да се добие таа ТОЧНА низа е 1 во 4^4, или за кој било број n нуклеотиди (nt или бази) шансата е 1 во 4^n (ова е поедноставено бидејќи во некои ситуации веројатноста следната основа да биде X зависи од околните бази).

BLAST има два дела – нуклеотид (BLASTn) и протеин (BLASTp). BLASTp се занимава со секвенци на аминокиселини, на ист начин како и нуклеотидните секвенци. Но, постои голема разлика затоа што има 20 аминокиселини (наместо 4 нуклеотиди) и затоа дури и кратки патеки (на пр. QTNS = Glu-Thr-Asn-Ser) би носеле веројатност од некаде околу 1 на 20^4 (поедноставено) , што е 1 во 160.000. Веројатноста за специфична секвенца од 5 аминокиселини да се појави случајно на иста основа скока на 1 во 3,2 милиони!

Значи, ајде да го притиснеме копчето Protein BLAST и да пребараме… ова е екранот до кој ќе стигнете, низ кој ќе ве прошетам…

Во полето 1 треба да ја внесете амино киселинска секвенца која ве интересира (BLAST автоматски додава „>неименуван протеински производ“). За среќа, не треба да барате напорно за ова, бидејќи ќе се концентрираме на само 4 секвенци во рамките на вирусниот геном/протеом на SARS-CoV-2 и тие ни се изложени во прекрасниот труд на Прашант Прадан „Чудна сличност на уникатните инсерти во 2019-nCoV на шилестиот протеин на ХИВ-1 gp120 и Gag“ објавен на 31 јануари 2020 година неколку дена по објавувањето на геномската секвенца.

Делот што ви треба е во табела 1 што повторно ја објавувам овде и ќе видите дека ја објавив секвенцата од 6 аминокиселини TNGTKR во полето [1] означено со црвено на екранот BLASTp.

За чекор [2] на екранот за внесување BLASTp, треба да додадете неколку филтри. Првиот филтер е да се ограничи пребарувањето на „viridae (вируси)“ (или можете само да внесете 10239 што е ID на таксономијата). Причината за ова е што има газилиони видови на планетата и BLASTp ќе ги бара сите нив, но вие навистина сакате само да знаете од кој вирус потекнува оваа секвенца. Не ве интересира дали мотивот е пронајден во лигњи, иако е можно и лигња да се вклучи во акцијата со познатиот тет-а-тет со лилјак и панголин што го промовираат луѓе како Питер Дазак и Доминик Двајер, но да се држиме до реалноста.

Вториот услов е да се исклучат сите референци за SARS-CoV-2 кои сега се акумулирани во базата на податоци, бидејќи сите тие ќе се појават (илјадници од нив) и не сме заинтересирани.

Откако ќе го внесете ова, притиснете го копчето BLAST и што добивате? Ќе добиете листа на кандидати кои имаат блиска хомологија на таа низа. Бидејќи е многу кратка низа, хомологијата треба да биде 100% идентична. На врвот на страницата ќе добиете резиме на она што сте го побарале, а остатокот од страницата е листа на соодветните секвенци. Она што веднаш ќе го видите е блиску до врвот на листата се два синтетички вируси, кои се химера на SARS-Cov-2 и друг вирус, кои се појавија во последните 2 години од лабораториите кои произведуваат повеќе вируси (бидејќи ние немаме доволно). Следно во списокот е цел куп референци за ХИВ-1.

Можете да кликнете на кој било од овие линкови и ќе бидете префрлени на екранот за порамнување каде што се прикажани порамнувањата помеѓу предметот на вашето пребарување (TNGTKR) и барањето (сите вируси), и ќе видите додека одите надолу на страницата дека порамнувањата држат само за ХИВ-1 додека не почнете да добивате синтетички и хипотетички протеини, до следниот вистински вирус во списокот кој е ХИВ-2…

Во ред, но еден ваков хит може да биде случаен. Во списокот ќе ја видите „Е-вредноста“ што е показател за веројатноста да се најдат совпаѓања и треба да биде што е можно поблиску до нула. Овде е 282 што навистина само ја одразува веројатноста да се најдат совпаѓања во кратка низа.

Tука лежи зајакот. Или овие секвенци случајно ќе се поклопат со цел куп други вируси (бидејќи Е-вредноста е висока и затоа треба да очекуваме многу совпаѓања) или тие се навистина необични секвенци кои се совпаѓаат конкретно, преференцијално или уникатно со ХИВ-1. Како да го решиме ова? Па, да одиме на следната низа – HKNNKS, што е уште една кратка низа. Само за да го средиме екранот, можеме да поставиме филтер за кратки секвенци за да се осигураме дека 100% од низата се совпаѓаат (горе десно). Сега запомнете дека ако совпаѓањето со ХИВ-1 беше случајно, навистина не треба да гледаме совпаѓање на оваа листа, затоа што има други стотици вируси што би требало да се совпаѓаат преференцијално. Упс…

Забележете ги другите совпаѓања – Bat RaTG13 не се појави во оваа база на податоци сè додека луѓето почнаа да го преиспитуваат потеклото на коронавирусот и веројатно е синтетичка секвенца oд истите синтетички вируси кои што ја предизвикаа пандемијата. Значи, ХИВ-1 е единствениот кандидат за двете секвенци.

Ајде да одиме во низата 3. Ова е подолга низа. RSYLTPGDSSSG. Се прашувам со кој вирус (или множество случајни вируси, бидејќи тоа е случајна низа, запомнете) ќе одговара на…. О, погледнете…

Така, во ова пребарување ја ограничив покриеноста на барањето на 100% за да се ослободам од бучавата и хипотетичките протеини. Сè што ни остана се синтетичките вируси од пост-ковид и RaTG13 (исто така пост-ковид). Единствениот преостанат вирус на оваа листа е, погодувате, ХИВ-1. Кои се шансите ХИВ-1 да се појави во сите 3 пребарувања?

И само за да го завршиме квад-трикот, потребна ни е последната секвенца за вметнување идентификувана во трудот на Прадан, која е QTNS——PRRA. Ова е навистина интересна секвенца до која ќе дојдеме подоцна, бидејќи е местото на расцепување со фурин. Интересно е затоа што ваквите бета коронавируси немаат место за расцепување со фурин, ова е единственото. Сигурно овие расцепувања со фурин не може да потекнува од ХИВ-1? Па, не е од протеинот GP120 како другите три секвенци, тој е сосема различен и на друга локација на вирусот што ќе ви го покажам наскоро, но засега да го извршиме BLASTp.

Овој пат е малку помешано затоа што се додадени еден куп хипотетички и синтетички протеини откако беше објавен SARS-CoV-2 (требаше да го напишам ова парче минатата година). Но, ХИВ-1 повторно се појавува на списокот и овој пат само ќе ги прикажам усогласувањата помеѓу гаг протеинот и коронавирусот – во овој случај има избришан дел од протеинот ХИВ-1.

Значи, таму имаме 4 совпаѓања со секвенците на ХИВ без други вируси* кои се појавуваат во сите 4 списоци за совпаѓање . Колкави се шансите за тоа – блиску до нула.

Но, погледнете го ова. Ова не беа само случајни секвенци од ХИВ. Во својот труд, Прадан отиде понатаму и ја пресоздаде структурата на вирусот со локацијата на четирите инсерти. Еве и ете, овие „случајни“ инсерти – сите од ХИВ – сите се на врзувачките места на коронавирусот. Кои се шансите?

Сега, можно е да не сте убедени. И покрај фактот дека единствениот вирус што се појавува во пребарувањето за сите четири инсерти, од стотиците илјади вируси наоколу, се случува да е ХИВ-1. И ХИВ-1 не би требало да има реални шанси да формира рекомбинантни вируси со коронавируси на лилјаци во природата, ниту реална шанса да формира 4 различни рекомбинации кои едноставно се наоѓаат на местата за врзување за вирусот. Но, ако тоа не ве убеди, постои една посебна карактеристика на вметнувањето 4 што треба да ја разгледаме.

Сега се враќаме на нуклеотидите, G-A-C-T кои ја сочинуваат низата што ги шифрира амино киселините за кои досега зборувавме. Оригиналната референтна геномска секвенца за коронавирусот има генбанка ID NC_045512.1 и може да се види овде: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512.1

Можете да си играте со секвенцата на геномот користејќи BLASTn (за нуклеотид) со одење на таа страница и избирање „Run BLAST“ од десната колона што ќе ве однесе до слична страница BLAST како што беше со протеините погоре.

На сличен начин ќе внесете NC_045512.1 (или ажурираниот NC_045512.2) во првото поле, изберете ги опциите прикажани во делот означен [2], изберете мегабласт во делот 3 и кликнете оди, и ќе добиете список на геномите на SAR-CoV-2 кои се совпаѓаат (очигледно). Нема да го прикажам тој екран затоа што не е важен овде, но ова е екранот што го добивате ако погледнете две тесно совпаднати секвенци и можете да кликнете на „Функција CDS“ за да ја наметнете секвенцата на аминокиселини. Ќе завршите со страници со нешто што изгледа вака:

Во овој конкретен дел можете да видите дека тоа е секвенца од „шилестиот протеин“ (површински гликопротеин) и нуклеотидите се означени со 23548…23771 (од околу 30.000 нуклеотиди или бази, т.е. G-C-A-T). [Забелешка: всушност ова е РНК, така што треба да има U на местото на секое Т, но BLAST го компензира ова автоматски поради едноставноста]. Помалиот број е бројот на аминокиселини во протеинската низа, така што за секои 3 нуклеотиди, бројот се зголемува за 1 амино киселина. Врвот е амино киселината 677 (Q) до 686 (S), давајќи 677→686 = QTNSPRRARS.

Сега, ова е навистина интересно бидејќи не само што видовме дека делот QTNS е изведен од ХИВ, туку има нешто многу посебно за соседниот PRRAR бидејќи тоа е место за расцепување на фурин и како што видовме, оваа секвенца не постои во овиј тип на вирус сличен на САРС. Тоа е вметнување во вирусниот геном, но никој навистина не знае како стигнал таму (исто како секвенците на ХИВ). За да видиме од каде доаѓа, треба да погледнеме надвор од секвенцата на аминокиселините и да се вратиме на секвенцата на геномот.

Геномската секвенца што можете да ја видите за оваа аминокиселинска секвенца е: CAGACTAATTCTCCTCTCGGCGGGGCACGTAGT што се 30 нуклеотиди кои кодираат 10 амино киселини. За оваа низа да настане случајно шансата би била бескрајно мал број, па мора да настанала некаде (т.е. од друг вирус) или во спротивно, дел од него мора да биде синтетички. Значи, ајде да го BLAST-неме(n) и овој пат да ги исклучиме „синтетичките конструкции“ од нашето пребарување (бидејќи бараме вистински вируси, а не синтетички). Што добиваме?

Така, сега се навикнувате на овие прикази, можеме да видиме дека единствените вирусни секвенци овде се синтетички, и ако кликнете на секоја од нив, ќе го најдете нивниот датум на регистрација по февруари 2020 година. Со други зборови, нема вирус во постоењe кој ја има оваа генетска секвенца. Па, ова е чудно, бидејќи за да може вирусот да добие голема секвенца како оваа, треба да ја добие од друг организам.

Доволно е лесно да се смени еден нуклеотид (мутација со една точка или SNP) или дури и да се вметнат или бришат нуклеотиди (помалку често), но да се вметнат 20 или 30 нуклеотиди со код што функционира? Не, тоа мора да дојде од друг вирус или во спротивно е направено во лабораторија.

Значи, од каде дојде овој код? Излегува дека BLAST може да ни каже – со одреден степен на сигурност – од каде потекнува дел од овој код, особено делот што го шифрира делот PRRAR (местото за расцепување на фурин кое е толку уникатно).

Шах матот што нè интересира е CTCCTCGGCGGGCACGTAG, ајде да пребараме.

Она што го гледате се истите (погрешно класифицирани SARS-CoV-2) секвенци во првите 9 погодоци, а потоа ниту еден од преостанатите хитови нема совпаѓања од 19 од 19. Ова значи дека не постои вирус познат на човекот кој ја има оваа конкретна секвенца во својот геном пред откривањето на САРС-Ков-2. Значи, од каде доаѓа? За ова треба да изберете друга база на податоци. Да се вратиме на екранот за барање BLASTn и да ја смениме опцијата за базата на податоци во „Патент секвенци “. Отстранете ги сите исклучоци и стартувајте го BLAST.

Резултатите овде треба малку да се просејуваат бидејќи на врвот на листата се наоѓаат резултатите од патентите од оваа година. Тие се со префикс WO2021 и WO2020, така што може да се игнорираат. Само под нив се оние за кои не интересираат.

Ајде да го направиме тоа и да видиме која компанија, која сите ја знаеме , е фармацевтска компанија која никогаш не произвела лек кој функционира, а сепак има пазарна вредност од над 80 милијарди долари…

Да тоа е точно. Секој еден од овие патенти што ја содржи таа 19-та секвенца (за која веројатноста да се случи по случаен избор е помала од 1 во милијарда) е од Moderna. [Забележете дека секвенцата е всушност обратна секвенца на комплементот, но ова е веројатно директен резултат на клеточните линии во кои се појави – MSH3_мутирани клеточни линии дизајнирани за развој на вакцини за рак, патентот Модерна всушност беше за мутиран MSH3 ген за оваа намена]

За да се појави таа низа во тој вирус, вирусот кој беше произведен со неговите ХИВ инсерти, мораше да биде инфициран во патентирани клеточни линии обезбедени од Модерна кои ја имаа таа единствена секвенца што не е забележана кај ниту еден друг вирус.

Теоретски ништо не е невозможно во науката, медицината или геномијата. Вирусот САРС што се појавува природно со 3 инсерти од ХИВ на неговите места за врзување и исто така содржи место за расцепување на фурин што не постои во природата, но постои во патентот на Модерна… тоа е сериозно луд разгово, едноставно не постои. Летечкиот розов слон би бил милион пати поверојатено. Погледнете нагоре можеби ќе го видите.

Изворот погледнете го тука!